Cách đây rất lâu, lục địa Archanea đã bị Đế chế Dolhr xâm lược, dẫn đầu là Shadow Dragon, Medeus. Anri, một thanh niên đến từ Altea, đã đánh bại Shadow Dragon bằng thần kiếm Falchion. Vương quốc Archanea hồi phục và thế giới bước vào kỷ nguyên hòa bình. Tuy nhiên, 100 năm sau, Medeus được phù thủy độc ác Gharnef hồi sinh, kẻ đã chinh phục bang Khadein. Cả hai thành lập một liên minh với các vương quốc Macedon và Grust để chinh phục thế giới. Vua Cornelius của Altea và là người kế vị của Anri, lấy Falchion và ra trận để chiến đấu với chúng, để lại con trai Marth và con gái Elice cho đồng minh của Altea là Gra trông coi. Tuy nhiên, Gra đã về phe Dolhr và phản bội Altea; Cornelius bị giết, Falchion bị đánh cắp, và Elice hy sinh để Marth có thể trốn thoát. Cùng với một số hiệp sĩ, anh trú ẩn tại đảo quốc Talys.

Vài năm sau, Marth đẩy lùi một cuộc xâm lược của hải tặc đảo Talys, khiến nhà vua kết luận rằng anh đã sẵn sàng chiến đấu với Dolhr; ông gửi Marth ra ngoài cùng với một số thân tín nhất của ông và cả con gái của ông là Công chúa Caeda. Marth lần đầu tiên giải cứu vương quốc Aurelis và nhờ sự trợ giúp của em trai nhà vua là Công tước Hardin và thuộc hạ của anh ta. Anh gặp Công chúa Nyna, cô người cuối cùng còn sống của gia đình hoàng gia Archanean và là thủ lĩnh của cuộc kháng chiến chống lại Dohlr. Cô đưa cho anh ta Fire Emblem, một báu vật huyền thoại sẽ trao cho người anh hùng có thể giải cứu thế giới. Cả hai hành quân đến Archanea và giải phóng nó khỏi Grust. Sau một thời gian ngắn xâm nhập Khadein để tìm kiếm Falchion, Marth chiếm lại Altea. Anh biết rằng mẹ anh đã bị giết trong cuộc xâm lược và Gharnef đang giam giữ Elice làm tù nhân. Marth chiến đấu với Grust và tướng lĩnh hàng đầu của họ là Camus, anh là người đã giải cứu Nyna khỏi bị hành quyết dưới bàn tay của Dohlrian; anh chọn duy trì danh dự như một hiệp sĩ của Grust, và Marth buộc phải đánh bại anh ta.

Marth được liên lạc với Gotoh, một lão hiền triết thông thái, ông thông báo với anh rằng Gharnef đã sử dụng tome Imhullu, khiến hắn trở thành bất khả chiến bại; thứ duy nhất có thể đánh bại hắn chính là phép thuật của Starlight. Gotoh gửi Marth đến Fane of Raman để tìm nguyên liệu cần thiết để tạo ra Starlight; anh cũng giải cứu rồng thần Tiki. Marth sau đó kéo quân đến Macedon và hạ bệ tên Vua độc tài Michalis với sự trợ giúp của Minerva, em gái của Michalis. Ở đó, Gotoh tái chế lại Starlight. Marth kéo quân đến Khadein một lần nữa, đánh bại Gharnef, giành lại Falchion và giải cứu Elice. Sau đó, anh tìm đường đến Dolhr để chiến đấu và đánh bại Medeus, trả lại hòa bình cho vùng đất. Nếu Caeda sống sót sau các sự kiện của trò chơi, cô ấy và Marth sẽ thổ lộ tình yêu của họ dành cho nhau.